通过对公转账的方式购买软件是否可以开具发票？

可以的。

充值预付款项是否可以开具发票？

根据《中华人民共和国发票管理办法》、《中华人民共和国发票管理办法实施细则》，迅睿云只能针对您已消费过的订单开具发票。您充值的预付款余额没有消费，也没有对应的迅睿云的产品/服务，因此无法申请开具发票。

迅睿云应用商城的消费可以申请发票吗？

请登录迅睿云应用商城，联系开发者，开票申请由开发者（卖方）处理。

在应用商城中的消费金额可以让迅睿云官方开票吗？

不可以。

根据《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税【2016】36号）附件一第37条规定：以委托方名义开具发票代委托方收取的款项也不属于价外费用，不需要计入收入缴纳增值税。

也就是说收取的资金后面属于委托方（卖家），委托方会向支付方开具发票，迅睿云作为平台只是在中间只起到代收代付的作用。

发票申请有时间限制吗？

发票申请没有时间限制。您可以根据您的需要，进行发票申请。